ในปี พ.ศ. 2552 สถานการศึกษาต่อเนื่อง เดิมเป็นวิทยาลัยการศึกษาต่อเนื่อง ได้รับความเห็นชอบจาก สภามหาวิทยาลัยนเรศวร ตามมติสภามหาวิทยาลัยนเรศวร ในคราวประชุมครั้งที่ 145(6/2552) เมื่อวันที่ 20 มิถุนายน 2552 ซึ่งมีฐานะเทียบเท่าคณะ ให้จัดตั้งและแบ่งส่วนงานเป็นวิทยาลัยการศึกษาต่อเนื่อง มหาวิทยาลัยนเรศวร ดังนี้
     1. สำนักงานเลขานุการ 2. ฝ่ายวิชาการ 3. ฝ่ายเทคโนโลยีสารสนเทศ
เป็นหน่วยงานเทียบเท่าคณะ เพื่อรองรับภารกิจ ของมหาวิทยาลัย ที่ต้องปฏิบัติภารกิจหลัก 4 ด้าน ประกอบด้วย การจัดการเรียนการสอน การวิจัย การบริการทางวิชาการ และการทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม และในวันเสาร์ที่ 7 พฤศจิกายน 2552 สภามหาวิทยาลัยได้มีมติให้วิทยาลัยการศึกษาต่อเนื่องปรับเปลี่ยนสถานภาพเป็นสถานการศึกษาต่อเนื่องเทียบเท่ากอง มีภารกิจในการดำเนินงานและรับผิดชอบเกี่ยวกับการจัดการเรียน การสอนในระดับปริญญาตรี และปริญญาโท (แผน ข) และระดับประกาศนียบัตร รวมทั้งจัดอบรมสัมมนาและประชุมทางวิชาการในรูปแบบที่หลากหลาย เพื่อให้ผู้เรียนได้เลือกเรียนตามความต้องการ จึงได้จัดทำแผนการดำเนินงาน เป็น 2 ส่วนประกอบด้วย
     ส่วนที่ 1 คือการรวบรวมหลักสูตรที่ได้ดำเนินการอยู่แล้วมานำเสนอไว้ในแผนการดำเนินงาน
     ส่วนที่ 2 จะเป็นแผนการดำเนินงานในอนาคตจะได้จัดทำหลักสูตรเพิ่มขึ้นโดยการสร้างความร่วมมือกับคณะและภาคส่วนต่างๆทั้งภาครัฐและเอกชน

     ในวันที่ 1 ตุลาคม 2552 บัณฑิตวิทยาลัย ไดัถ่ายโอนภารกิจในการจัดการเรียนการสอน ศูนย์วิทยบริการนอกจังหวัดพิษณุโลก โดยจัดการเรียนการสอน นิสิตปริญญาโท ( แผน ข ) และรับผิดชอบดูแลการจัดการเรียนการสอนระดับปริญญาตรีโครงการพิเศษ/ความร่วมมือกับหน่วยงานต่างๆโดยการจัดการเรียนการสอน ดังนี้
การจัดการศึกษาระดับปริญญาตรีโครงการพิเศษ / โครงการความร่วมมือกับหน่วยงานต่างๆ
     1. โครงการจัดการศึกษาตามโครงการความร่วมมือกับกองทัพบก
             1) หลักสูตรการศึกษาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเทคโนโลยีและสื่อสารการศึกษา
             2) หลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาพัฒนาสังคม
             3) หลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาดุริยางค์สากล
             4) หลักสูตรรัฐศาสตรบัณฑิต
     2. การจัดการศึกษาทางไกล (E-Learning)
            1) หลักสูตรบริหารธุรกิจบัณฑิต สาขาวิชาการท่องเที่ยว

     วันที่ 7 พฤศจิกายน 2552 สภามหาวิทยาลัยนเรศวร ในการประชุมครั้งที่ 148 (9/2552) ได้มีมติเห็นชอบให้วิทยาลัยการศึกษาต่อเนื่อง เปลี่ยนสถานภาพจากหน่วยงานเทียบเท่าคณะ เป็นหน่วยงานที่มีฐานะเทียบเท่ากอง และยกเลิกการแบ่งส่วนราชการเดิม โดยใช้ชื่อ “สถานการศึกษาต่อเนื่อง” และแบ่งงานภายในเป็น 3 งาน คือ
     1. งานธุรการ
     2. งานบริการการศึกษาต่อเนื่อง
     3. งานเทคโนโลยีสารสนเทศ

     ทั้งนี้ ให้ทดลองการดำเนินงานเทียบเท่ากองเป็นระยะเวลา 3 ปี และรายงานให้สภามหาวิทยาลัยทราบทุกปี หลังจากนั้นให้นำเสนอสภามหาวิทยาลัยเพื่อพิจารณาสถานภาพของหน่วยงานใหม่

     สถานการศึกษาต่อเนื่อง เป็นส่วนงานภายในสังกัดสำนักงานอธิการบดี ตามประกาศสภามหาวิทยาลัยนเรศวร เรื่องจัดตั้งและปรับปรุงโครงสร้างของส่วนราชการ และหน่วยงานภายในสำนักงานอธิการบดี (เพิ่มเติม) ลงวันที่ 3 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2554 โดยแบ่งเป็น 4 งาน ดังนี้
     1. งานธุรการ
     2. งานประสานการจัดการศึกษา

     3. งานเทคโนโลยีสารสนเทศ
     4. งานจัดการฝึกอบรม

     วันที่ 19 ธันวาคม 2553 สภามหาวิทยาลัยนเรศวร ในคราวประชุมครั้งที่ 157(9/ 2553) ได้มีมติเห็นชอบปฏิญญาสถานการศึกษาต่อเนื่อง สำนักงานอธิการบดีมหาวิทยาลัยนเรศวร พ.ศ. 2553 เพื่อเป็นกรอบดำเนินการของสถานการศึกษาต่อเนื่อง โดยมีจุดมุ่งหมายที่จะให้บุคลากรทั้งภายในและภายนอกหน่วยงานเข้าใจบทบาท หน้าที่ และ ภารกิจอันจะทำให้ทุกภาคส่วนมุ่งปฏิบัติงานที่เกื้อกูลและส่งเสริมงานของสถานการศึกษาต่อเนื่อง ให้เป็นไปตามปฏิญญา อันจะนำไปสู่การพัฒนามหาวิทยาลัยที่สอดคล้องกันในลักษณะบูรณาการโดยรวมต่อไป

     และเมื่อวันที่ 29 เมษายน 2555 สภามหาวิทยาลัยนเรศวรในคราวประชุมครั้งที่ 170(4/2555) ได้อนุมัติการปรับโครงสร้างหน่วยงานของสถานการศึกษาต่อเนื่อง ซึ่งปัจจุบันสถานการศึกษาต่อเนื่อง เป็นหน่วยงานภายในสังกัดสำนักงานอธิการบดี ตามประกาศสภามหาวิทยาลัยนเรศวร โดยแบ่งเป็น 4 งาน ดังนี้
     1. งานอำนวยการ            
     2. งานการจัดการด้านบริการการศึกษา 

     3. งานบริการวิชาการ
     4. งานธุรกิจสัมพันธ์